Zasady wyboru Modlitwy eucharystycznej są następujące:

Pierwszą Modlitwę eucharystyczną (Kanon Rzymski), którą zawsze można odmawiać, zaleca się stosować w dni mające własne Zjednoczeni i w Mszach z własnym Boże, przyjmij łaskawie tę ofiarę, a także w święta Apostołów i Świętych, których imiona wspomina się w tekście tej modlitwy; wskazane jest również stosowanie tej modlitwy w niedziele, jeśli racje duszpasterskie nie zalecają wyboru trzeciej Modlitwy eucharystycznej.
Druga Modlitwa eucharystyczna, ze względu na jej cechy charakterystyczne, zalecona jest w dni powszednie i w specjalnych okolicznościach. Modlitwa ta ma wprawdzie własną prefację, ale można ją stosować i z innymi prefacjami, z tymi zwłaszcza, które w sposób syntetyczny ujmują misterium zbawienia, np. z prefacjami zwykłymi. Kiedy Mszę sprawuje się za jakiegoś zmarłego, można użyć specjalnej formuły zamieszczonej przed Pamiętaj także.
Trzecią Modlitwę eucharystyczną można stosować w połączeniu z każdą prefacją. Zaleca się stosować tę modlitwę w niedziele i święta. Jeśli używa się jej w Mszach za zmarłych, można zastosować specjalną formułę, którą wprowadza się po słowach: Zjednocz ze sobą wszystkie swoje dzieci rozproszone po całym świecie.
Czwarta Modlitwa eucharystyczna ma prefację niezmienną i podaje pełniejsze streszczenie dziejów zbawienia. Można się nią posłużyć, gdy Msza nie ma własnej prefacji, i w niedziele Okresu Zwykłego. Do tej modlitwy, ze względu na jej budowę, nie można wprowadzać specjalnej formuły za zmarłego.